Borússia Dortmund (Ale)-Genk (Bel)* 1-2 (1-0)
Esberg (Din)*-Vetra Vilnius (Lit) 4-0 (1-1)
Dínamo Minsk (Bie)-Lille (Fra)* 2-2 (1-2)
Roda (Hol)-Slovan Liberec (Che)* 1-1 (0-1)
Vardar Skopje (Mac)-Schalke 04 (Ale)* 1-2 (0-5)
Spartak Moscovo (Rus)-Villarreal (Esp)* 2-2 (1-2)
OFK Belgrado (Ser)*-Tampere (Fin) 1-0 (0-0)
Spartak Trnava (Eslq)-Slaven Belupo (Cro)* 2-2 (0-0)
Hamburgo (Ale)*-Thun (Suí) 3-1 (2-2)
Cork City (Irl)-Nantes (Fra)* 1-1 (1-3)
Atlético de Madrid (Esp)*-Zlin (Che) 0-2 (4-2)
União de Leiria (Por)*-Shinnik Yaroslav (Rus) 2-1 (4-1)

Nota: entre parêntesis, os resultados da primeira mão

* equipas apuradas para as meias-finais